Circulación de genomas SARS-CoV-2 en la segunda ola europea


Publicado en
COVID-19
.
Madrid
,
Viernes, 13 Noviembre, 2020

El pasado 26 de octubre, el MICINN y el CSIC reflejaban en sus webs los resultados del consorcio SeqCovid-Spain sobre los genomas del virus encontrado en España. Al mismo tiempo se publicaba que la cepa del virus que en estos momentos se está expandiendo por Europa en esta segunda ola, comenzó a dispersarse a partir de España.

 

La variación genética

Con independencia de los modelos de dispersión de las diferentes cepas del virus, en estos momentos parece claro que diferentes zonas del mundo se caracterizan por la presencia de ciertas variantes génicas con diferente nivel de prevalencia.

Recordemos que estas “peculiaridades regionales” ya se ponían de manifiesto en los trabajos de Antonio Salas y Federico Marimon (USC-IDIS) durante la primera ola, que ponían de manifiesto que en España se encontraba una variante genética diferente, que casi no tenía presencia en otros países de Europa.

 

Diferentes mutaciones del virus

Es cierto que, hasta la fecha, se considera que las diferentes mutaciones del virus no tienen efecto sobre la morbilidad / mortalidad. Pero hay que considerar también que a pesar del tremendo esfuerzo que se ha puesto en la secuenciación de genomas completos del SARS-CoV-2, el número de secuencias es bajo, para poder realizar un estudio epidemiológico que garantice que no existe una asociación entre las diferentes mutaciones, y la “peligrosidad” de cada variante.

De hecho, durante la primera oleada, se pusieron de manifiesto diferencias muy notables entre países, tanto en la incidencia como en la mortalidad (comparemos UK con Austria). Pero también es cierto que el esfuerzo en la secuenciación de los diferentes genomas es también muy variable entre países (comparemos UK con Italia)

 

Diferentes tecnologías

Cuando es necesario conocer miles de genotipos, en un periodo muy corto de tiempo, las técnicas de NGS plantean ciertos problemas, son caras, con baja producción de datos (aunque de mucha definición) y sobre todo lentas. Las PCR clásicas tampoco sirven, pues si bien son más económicas y rápidas, no alcanzan el nivel de multiplexado necesario para tener una definición clara de las variantes del virus, sobre todo en un momento donde aún no se conoce el impacto de la variabilidad.

En Izasa Scientific disponemos de tecnología para generar miles de genotipos diarios, a un bajo coste, que permitirían completar la información de secuenciación a escala de poblaciones completas, a la vez que trazar en un tiempo muy breve la circulación de los diferentes mutantes.

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Fuentes:

Articulo de Antonio Salas y Federico Marimon

Digital CSIC

Ministerio de Ciencia e innovación

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