A tecnologia exclusiva Nanostring permite quantificar digitalmente moléculas de RNA, DNA e proteínas diretamente, graças a um sistema de identificação através de um código de cores associado a cada molécula. Este sistema de análise digital utiliza dois pares de sondas específicas que se hibridam diretamente com a amostra de ácido nucleico, eliminando reações enzimáticas que possam introduzir desvios nos resultados. Uma é a chamada sonda repórter, marcada com seis fluorocromos de quatro cores diferentes e cuja combinação disposta em série origina um “código de cor” único para cada alvo. A sonda de captura está conjugada com biotina e é usada para imobilizar o complexo sonda/alvo no cartucho revestido com estreptavidina.
Entre as suas variadas aplicações, destaca-se a análise quantitativa da expressão génica, por não necessitar retrotranscrição nem amplificação posterior. Isto torna esta tecnologia ideal para estudos onde o ácido nucleico é isolado da amostra com  componentes que favorecem a sua degradação, como por exemplo os blocos de biopsia FFPE, uma vez que a deteção é direta e apenas precisa de 100 nt contínuos. Além disso, é capaz de multiplex até 800 marcadores numa só amostra, permitindo  pbter uma grande quantidade de informação de forma coerente e reprodutível a partir de pequenas quantidades de RNA.