No passado dia 26 de outubro, o MICINN e o CSIC refletiam nas suas webs os resultados do consórcio SeqCovid-Spain sobre os genomas do vírus encontrado em Espanha. Ao mesmo tempo, publicava-se que a estirpe do vírus que neste momento está a expandir-se pela Europa nesta segunda vaga, começou a dispersar-se a partir de Espanha.

A variação genética

Com independência dos modelos de dispersão das diferentes estirpes do vírus, nestes momentos parece claro que diferentes zonas do mundo caraterizam-se pela presença de certas variantes génicas com diferente nível de prevalência.

Recordamos que estas “peculiaridades regionais” já eram evidentes nos trabalhos de Antonio Salas e Federico Marimon (USC-IDIS) durante a primeira vaga, que manifestavam que em Espanha encontrava-se uma variante genética diferente, que quase não tinha presença em outros países da Europa.

Diferentes mutações do vírus

É certo que até à data considerava-se que as diferentes mutações do vírus não têm efeito sobre a , hasta la fecha, se considera que las diferentes mutaciones del virus no tienen efecto sobre la morbidade / mortalidade. Mas há também que considerar que apesar do tremendo esforço que se colocou na sequenciação de genomas completos del SARS-CoV-2, o número de sequências é baixo para poder realizar um estudo epidemiológico que garanta que não existe uma associação entre as diferentes mutações e o "risco de perigo" de cada variante.

De facto, durante a primeira vaga, foram reveladas diferenças muito notáveis entre países, tanto na incidência como na mortalidade (comparemos UK com Áustria). Mas também é certo que o esforço na sequenciação dos diferentes genomas é também muito variável entre países (comparemos UK com Itália).

Diferentes tecnologias

Quando é necessário conhecer milhares de genótipos num período muito curto de tempo, as técnicas de NGS apresentam certos problemas, são caras, com baixa produção de dados (ainda que de muita definição) e sobretudo lentas. As PCR clássicas também servem, se bem que são mais económicas e rápidas, não alcançam o nível de multiplexação necessário para ter uma definição clara das variantes do vírus, especialmente num momento onde ainda não se conhece o impacto da variabilidade.

Na Izasa Scientific dispomos de tecnologia para gerar milhares de genótipos diários, a um baixo custo, que permitiriam completar a informação de sequenciação à escala de populações completas,  e simultaneamente traçar num tempo muito breve a circulação dos diferentes mutantes.

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Fontes:

Artigo de Antonio Salas e Federico Marimon

Digital CSIC

Ministerio de Ciencia e innovación