Historicamente, a imuno histoquímica e a imunofluorescência foram utilizadas para avaliar a heterogeneidade de proteínas e ácidos nulceicos em cortes de tecido. No entanto, estas técnicas são muito limitadas devido ao grande ruído de fundo, à difícil quantificação e à baixa capacidade de multiplexado. Numa só reação, a tecnologia DSP permite capturar a morfologia do tecido através da interação de anticorpos marcados com sondas fluorescentes, enquanto que a expressão génica em cada célula é obtida graças aos códigos de barras digitais. Esta técnica também permitirá analisar em apenas duas secções o perfil de mRNA (até 770 genes) e proteínas.

O que é o Digital Spatial Profiling (DSP)?

Digital Spatial Profiling (DSP) é uma nova plataforma desenvolvida por Nanostring que se baseia na tecnologia de códigos de barras nCounter que permite a caraterização digital de proteínas ou mRNA com elevado grau de multiplexado (até 800 plex), respeitando o ambiente espacial do tecido. O ensaio baseia-se em sondas de oligonucleotídeos que se dividem através da luz e hibridam com o mRNA ou acopladas a anticorpos que reconhecem proteínas. Depois da hibridação com as sondas nas secções de tecido FFPE, estas são libertadas do tecido selecionado através da exposição à luz UV. As sondas são recolhidas e quantificadas num ensaio nCounter standard. As contagens obtidas irão originar um mapa do tecido através da informação obtida contínua de regiões de interesse (ROI).

Processo: aplicar marcadores de morfologia (anticorpos vs proteínas que determinam um tipo celular) e mistura de anticorpos oligo-etiquetados (com sondas Nanostring que reconheçam proteínas e/ou mRNAs).

Visualização: utilize imagens de baixa densidade de comprimento de onda visível para estabelecer a "geografia" do tumor. Selecione regioões de interesse (ROI) para analisar os perfis génicos e/ou proteicos. 

Perfil analisado: sondas fluorescentes NanoString (barcodes) libertados através de UV em ROI selecionados

Placa: Armazene as sondas  recolhidas em placas de microtitulação, arquivee hibride com os códigos de barras.

Contagem digital até 1 milhão de pontos de dados por ROI

Aálise de dados com o software de análise avançado nSolver™

Aplicações

Principais áreas

1. Imuno-oncologia: Informação do tumor e região adjancente ao tumor
2. Neurobiologia: Interessante para analisar as interações da microglia com os neurónios, interações intercelulares em geral.